Madagascar possède des mammifères très particuliers. Ils sont répartis en 7 ordres (Afrosoricida, Soricomorpha, Chiroptera, Primates, Carnivora, Artiodactyla et Rodentia) et 23 familles, soient plus de 150 espèces quasiment toutes endémiques. Des petits mammifères placentaires sont présents, à titre d’exemple les petites musaraignes du genre Microgale et les tenrecs du riz (Oryzorictes). Ces petites espèces ont une reproduction assez particulière avec le nombre élevé de leurs petits. Elles réfugient dans les forêts de l’Est. Leurs alimentations sont les petits invertébrés terrestres et les petits vertébrés. A part les petites espèces, il existe aussi des plus grands mammifères tels que la famille des Tenrecidés et des Setifersetosus. Ces deux derniers possèdent des épines et ressemblent aux hérissons européens. Mais la différence entre ces deux espèces de mammifères est qu’ils appartiennent à une famille totalement différente.

Concernant les rongeurs, l’île compte un bon nombre d’espèces. Quelques 20 espèces ont été recensées. Le rat sauteur ou Hypogromys antimena est le plus connu des tous à Madagascar. Il est localisé dans la forêt sèche de l’Ouest du côté de Morondava.  Des espèces comme les rats Rattus rattus et Rattus norvegicus ont été introduites, elles présentent une grande menace pour certaine faune indigène.

En ce qui concerne les mammifères carnivores de Madagascar, le plus féroce est le Fosa ou Cryptoprocta ferox. Ce prédateur possède une grande taille et a une morphologie proche de celle des félins. Le Fosa est un animal exceptionnel qui est capable de grimper dans les arbres. D’autres espèces de carnivores sont également présentes telles que la Mangouste à queue appelée Galidia elegans. Cette espèce s’observe facilement dans différents types de forêts.

D’autres espèces comme la mangouste Mungotictis decemlineata sont également des mammifères ; On les rencontre seulement dans les aires sèches de l’Ouest. C’est un animal de couleur grise sable, avec des bandes sur les flancs. Enfin, il ne faut pas oublier les chauves-souris. Elles sont divisées en deux groupes distincts : les chauves-souris frugivores (Megachiroptera) et les petites chauves-souris insectivores (Microchiroptera).